1、定義不同：酰胺鍵是一種帶負電性的官能團，其中碳氧成雙鍵，氮氫成單鍵。肽鍵是一分子氨基酸的α-羧基和一分子氨基酸的α-氨基脱水縮合形成的酰胺鍵。2、範圍不同：肽鍵都是酰胺鍵，酰胺鍵包括肽鍵但不等同於肽鍵，因此酰胺鍵所指的範圍比肽鍵的大。
肽鍵的定義
肽鍵是將氨基酸分子間的氨基和羧基脱水縮合而形成的化學鍵，因縮合產物稱為肽，故名肽鍵。肽鍵是指酰胺基團中羰基上的π電子和相鄰的C-N鍵中氮原子上的孤對電子共同組成三中心四電子的離域π鍵。
肽鍵都是酰胺鍵，酰胺鍵包括肽鍵但不等同於肽鍵，酰胺鍵所指的範圍比肽鍵的大。在生物化學中，酰胺鍵就是指肽鍵，由一分子氨基酸的氨基與另一分子氨基酸的羧基脱水縮合而來。但是形成肽鍵至少要2個及以上的氨基酸，只有二肽及多肽裏面的酰胺鍵才叫做肽鍵。
單個穀氨酸中是沒有肽鍵的，但當2個穀氨酸脱水縮合成一個2肽分子時，-CO-NH-是一個穀氨酸的-COOH和另一個穀氨酸的NH2失去一個水分子，鏈接2個穀氨酸殘基的鍵稱為肽鍵。
