清洗美甲刷子應該用專業的清潔劑，因為刷子上面可能會沾染一定的美甲成分，所以應當使用專業的清潔產品來清洗。如果使用美甲刷子來除塵的話，只需要將它放在清水裏面泡一會兒就可以了；如果刷子上面沾染了光療膠或者水晶粉等等，就要用海綿等產品藉助其中的孔洞來清洗；如果沾染了很難去除的物質要放在卸甲水裏清洗。
美甲的刷子並不建議使用酒精來清洗，因為美甲刷子是一般是化纖成分的，所以它在用酒精來清潔之後會造成刷毛的影響，會造成刷毛開裂分叉甚至刷毛無法再繼續使用。
在清潔的時候可以先使用海綿將刷子上面沾染到的固體粉末全都清潔掉，只需要將刷子在海綿上輕輕的刷幾下，就可以將刷子自身帶的固體顏料全都清理乾淨，如果刷子上面沾染了丙烯顏料也可以用布來擦拭，也能夠將其中攜帶的固體染料全都擦掉。
但是如果使用酒精成分來清潔，可能會造成美甲清潔刷無法再繼續使用，所以如果想要用水性產品來清潔的話，一定要用專門的凝膠清潔劑或者卸甲水，它們對於化纖成分做成的刷子不會有太大的刺激也不會有太大傷害，而清潔的時候也能夠清潔的比較到位，無論是固體的還是粉末狀的染料都能夠清潔乾淨。
