1.級別不同。主任醫師是當前醫生職稱中的最高級別，屬於正高級別，是正教授級;副主任醫師居屬於副高級別，是副教授級；2.晉升條件不同。晉升副主任醫師需要獲得主治醫師職稱滿五年，還要評論文、課題等。晉升主任醫師要任職副主任醫師滿五年，且精通本專業理論，掌握國內外本專業技術發展情況。有豐富的臨牀或技術工作經驗，熟練掌握本專業技術操作，解決本專業複雜疑難問題。善於指導本科全面業務，能為醫療、教學和科研培養出高級人才。
首先，對於醫生來説，一般分為住院醫師、主治醫師、副主任醫師、主任醫師，其職稱主要是按照工作能力來評定的，對於一名醫學院的畢業生，在畢業之後先要經過一年的實習，才會有機會走上職業晉級之路。
一般來説，在實習一年之後，實習醫生就有了申報執業醫師的資格，如果實力夠強，在通過考試之後第二年會獲得執業醫師證書，獲得執業醫師證書五年後，有資格申報醫師資格，也就是中級職稱。基本上醫生的職稱晉級都是時間與經驗的積累，而要想在醫院有個職務，一般都得主任醫師、副主任醫師才可以，但是並不是所有的主任醫師、副主任醫師都是有職務的。
醫生的醫術與職稱不能完全劃等號
在一般老百姓的眼裏，肯定是職稱越高，醫術越好。這個問題需要辯證的來看，如果是在同一個醫院，可能主任醫師的水平高於副主任醫師。但如果是不同的醫院，這樣比較就不太合理了，一般來説大醫院的醫生水平，肯定是高於小醫院的，所以協和醫院的一個副主任醫師，可能比普通醫院的主任醫師水平還要強。不同醫院之間，醫生的水平可能存在比較大的差異。
