國民黨中統和軍統的區別在於主管上級單位不同，然後工作內容也不一樣，控制的勢力範圍也是不同的。
1、主管上級單位
軍統直接隸屬於軍事委員會，是軍隊編制，工作人員為現役軍人，有軍裝有軍銜。而中統由國民黨中央黨部管理，中統是黨務機構，沒有軍銜，常見的制服是中山裝。
2、工作內容
中統的工作重心是監控國民黨機關內部情況;打擊一切國民黨之外的黨派;控制社會輿論和思想。軍統屬於國民黨軍隊序列，主要任務是收集各類情報、對軍隊監視整治，對敵對勢力逮捕暗殺。
3、控制的勢力範圍
中統在各省各大城市的政府、黨部和警察局中，具有最大化的控制力，蔣介石也有意不許軍統染指，以免戴笠失控;而軍統在野戰部隊、各地警備司令部和軍事機構中有絕對優勢，這些也是中統禁區。
