1、入學方式不同：同等學力申碩可以免試入學，而非全日制研究生，從2016年改革後，需要參加一月份全國統考。全日制研究生均需參加入學考試，考試時間與非全日制研究生一致。
2、報考人羣不同：在職研究生報考人羣大多為已經參加工作的職場人士，而全日制研究生大多為應屆本科畢業生，另外也包含往屆生。
3、學習形式不同：報考在職研究生，可以邊學習，邊參加工作，採取的是半脱產學習形式，主要有周末班、集中班和網絡班。全日制研究生則是全脱產學習，上課時間為正常工作日。
4、學制、學費不同：在學制方面，同等學力申碩學制為2年，非全日制學制為2-3年，全日制學制為3年。在學費方面，同等學力申碩的學費為1.2-8萬，非全日制研究生學費為1.8-39萬。全日制研究生學費為每年8000左右。
5、獲得證書不同：同等學力申碩可獲得學位證書，俗稱單證，另外還可獲得結業證書；而非全日制研究生則可以獲得雙證，即畢業證書和學位證書。全日制研究生，只要順利畢業，均可獲得雙證。
6、報考條件不同：參加同等學力申碩的課程學習，大專及以上學歷即可。但是，想要獲得學位證書，則需要滿足獲得學士學位滿三年或擁有其他專業碩士學位或博士學位。
在職研究生和全日制研究生含金量
含金量不同：全日制的研究生含金量高於在職研究生的含金量，因為兩個考試的科目不一樣，錄取成績不一樣，培養方式不一樣。
在職研究生和全日制研究生考試難度
在職研究生和全日制研究生的考試難度不一樣。全日制研究生統一為每年一月份考試。考試難度比較大。
在職研究生和全日制研究生待遇
在職研究生和全日制研究生的待遇都是一樣的，並沒有差異。
