秦檜是病死的。紹興二十五年，秦檜病死，被封申王，諡號忠獻。秦檜病危後，高宗曾親自前往探望。在確定了其病症無法醫治、利用價值已終時，便下了旨意：奪去秦檜及其兒子秦熺的官職。當晚，秦檜就一命嗚呼了。
秦檜死後，秦家從此失勢，使長期被壓抑的抗戰派感到為岳飛平反昭雪有了希望，要求給岳飛恢復名譽。後來宋孝宗為鼓勵抗金斗志，給岳飛平反，將秦檜列為致使岳飛之死的罪魁禍首，秦檜後被祇奪王爵，改諡繆醜。相傳民間為解秦檜之恨，用麪糰做成他的形像丟入油鍋裏炸，稱之為油炸檜，後來演變成今日的油條。
典故：秦檜殺岳飛，罪名：莫須有
紹興和議之後，秦檜唆使其同黨万俟卨向宋高宗呈上一道捏造岳飛抗金時擁兵不救、放棄陣地等許多“罪名”的奏摺。此後秦檜再收買張俊、王貴、王俊去誣告岳飛兒子岳雲曾寫信給張憲，欲與之共同發動兵變。
紹興十一年九月，張憲被捕入獄；十月岳飛、岳雲兩父子也被騙入獄。已經辭官在家、明哲保身的老將韓世忠忍不住，去問秦檜岳飛何罪，秦檜含糊地回答：“飛子云與張憲書雖不明，其事體莫須有?”韓世忠氣憤地説：“‘莫須有’三字，何以服天下！”是年十二月，高宗賜死了岳飛。
