錄取批次不同。一本二本三本指的是高考後本科錄取的三個批次，一本是第一批錄取的本科大學，一般都是重點的院校。二本是第二批錄取的本科大學，一般是普通本科院校。三本就是第三批錄取的本科大學，這批次招生的一般都是民辦高校，現在一些省份還把二本和三本合併錄取，取消了三本。事實上，一二三本都是本科院校，學制為4年，畢業後都能獲得國家承認的學歷。
學費不同。一本最便宜，其次是二本、三本。不過具體的情況還要具體分析。有的二本民辦院校就比三本的院校學費要貴。
除此以外，一二三本的辦學範疇略微有差異。一本是公辦範疇，二本多數是公辦範疇，兼具少數民辦。三本一般是獨立學院，一般都是民辦高校。
一本、二本、三本都是屬於“普通高等學校”教育系列，學制都為四年，畢業證書和學位證書都是相同的，是不標明幾本的，只標明是本科，都以自己高校的名稱具印，都是“普通高等學校”教育證書，所以一、二、三本的畢業生都將獲得國家、國際、社會上都承認的本科學歷證書。
