一、培養目標不同，專業碩士教育的突出特點是學術性與職業性緊密結合，學術碩士按學科設立，其以學術研究為導向。
二、培養方式不同，專業碩士課程設置以實際應用為導向，以職業需求為目標，學術碩士的課程設置側重於加強基礎的理論學習。
三、入學難度不同專碩的英語大部分都是考英語二，學碩大部分都是考英語一
四、學制不同，專業碩士學制一般為2-3年，學碩一般為3年。
五、調劑要求不同，專碩的考試科目和考試難度決定了，它幾乎沒有調劑到學碩的可能性，但要注意臨牀醫學類專業碩士則相反，報考臨牀醫學類的專碩考生可以調劑到其他專業，報考其他專業的考生不可以調劑到臨牀醫學類專業學位。
