獨立學院只有本科，民辦學院既有專科又有本科。民辦學院有自己獨立的畢業證書，而獨立學院一般設在某個大學名下。獨立學院的舉辦方一定是普通高校，合作方是社會力量，而民辦則只有社會力量作為舉辦者。
1、民辦高校是按照民辦教育促進法設立的，而獨立學院是教育部行政規章設立的。獨立學院一定是本科，而民辦高校專本科都有。
2、獨立學院在舉辦方、學校的性質以及師資力量上都是有一定不同的，由於獨立學院是和普通本科學院一起辦學，所以在師資上可能會共享。而民辦學校都是自己的師資。
3、 民辦院校都有自己的學校名稱和自己的校園，也是自己獨立頒發畢業證，組織機構也是自己的，而獨立學院一般設在某個大學名下。
4、 民辦學院的發展時間比獨立學院的發展時間長。
