1、舉辦方不同：獨立學院是根據教育部的行政規章設立，為本科院校和社會上的個人所舉辦；而民辦學院是根據民辦教育法設立，舉辦方是社會上的個人及組織。2、辦學層次不同：獨立學院一定是本科院校，而民辦院校既有專科，又有本科。3、學歷證書不同：獨立學院畢業證書上加蓋的是大學和學院的印章，而民辦院校畢業證加印的只有學校名稱一個章。
獨立學院與民辦學院的區別
獨立學院，是指實施本科以上學歷教育的普通高等學校與國家機構以外的社會組織或者個人合作，利用非國家財政性經費舉辦的實施本科學歷教育的高等學校。獨立學院是民辦高等教育的重要組成部分，屬於公益性事業，依法享有民辦教育促進法、民辦教育促進法實施條例規定的各項獎勵與扶持政策。
民辦高校指的是企業事業組織、社會團體及其他社會組織和公民個人利用非國家財政性教育經費，面向社會舉辦的高等學校及其他教育機構，其辦學層次分專科和本科。國家鼓勵社會力量舉辦實施義務教育的教育機構作為國家實施義務教育的補充。
除此之外，獨立學院與民辦學院的學費也不同。民辦學院的學費比獨立學院的學費高得多，民辦高校的學費是公立大學的三到四倍。民辦本科院校學費在16000-20000元/年之間，獨立學院學費在16000-18000元/年之間。
