經過兩年多的籌建，香港中文大學(深圳)在8月17日正式成立，在院長任命儀式上，港中大(深圳)校長徐揚生教授為醫學院創院院長鄭仲煊教授頒發聘書。今年9月，醫學院將迎來首批臨牀醫學本科學生。
2019年1月，在粵港澳大灣區和深圳先行示範區“雙區”建設重大歷史機遇背景下，深圳市人民政府、香港中文大學、香港中文大學(深圳)正式簽訂協議共同建設香港中文大學(深圳)醫學院。未來，醫學院還將分階段開設公共衞生、藥學、護理學等專業。
接下來，醫學院將充分發揮學校三個諾貝爾獎科學家研究院與大數據研究院在人工智能、生命健康等領域的科研和人才優勢，推動醫工結合、醫理結合和轉化醫學發展。
2020年12月29日，龍崗區人民政府與香港中文大學(深圳)簽署戰略合作框架協議。龍崗區將積極推進將龍崗中心醫院、龍崗區人民醫院建設成為香港中文大學(深圳)附屬第二醫院和香港中文大學(深圳)附屬第三醫院及其臨牀醫學院，並支持香港中文大學(深圳)在醫院管理體制機制和藥品臨牀應用等方面大膽創新。
此前，深圳市政府與香港中文大學、香港中文大學(深圳)已簽署共建香港中文大學(深圳)醫學院的協議，三方將聯合建設醫學院及附屬醫院。
