1、實質不同，旗艦店一詞來自歐美大城市的品牌中心店的名稱，其實就是城市中心店或地區中心店。專賣店則是指專門經營或授權經營某一主要品牌商品為主的零售業形態。2、意義不同，專賣店意義是公司品牌、形象、文化的窗口，有利於公司品牌的進一步提升，旗艦店的意義是旗艦店不僅僅是一個概念、一個品牌、一種哲學、一套生活方式。
專賣店和旗艦店有什麼區別
除了以上介紹的區別外，其實兩者的特點也不同：
1、旗艦店的特點：
(1)權威性。有效肅清假冒偽劣產品，起到以正視聽的作用。
(2)身份明確。維護消費者的知情權益。
(3)經營穩定。長期經營不是短期行為，能有效維護自身形象及消費者利益。
(4)值得信賴。能讓網購者真正放心購物，明白購物。
(5)成本低，效率高。這是一般網店所具有的特點，作為官方網店效果更明顯。
2、專賣店的特點：
(1)選址在繁華商業區、商店街或百貨店、購物中心內。
(2)營業面積以著名品牌、大眾品牌為主;銷售體現量小、質優、高毛利。
(3)專賣店是品牌、形象、文化的窗口，有利於品牌的進一步提升。
(4)能有效貫徹和執行文化及活動方針，有效提高集團的執行力，突破現代企業所普遍面臨的管理瓶頸。
(5)專心專業、專賣一類產品或一個品牌，大大增強產品的終端銷售能力。
(6)更多的創造顧客購買一類產品或一個品牌的系列產品(專賣+優質產品+星級服務)的機會，提升產品的銷量。
