1、含義不同：全額撥款指所需的事業經費全部由國家預算撥款，而差額撥款是按照差額比例，由國家和單位共同承擔。2、穩定性不同：比起差額撥款來説，全額撥款相對穩定；而差額撥款存在的變動可能性很大，還存在很多不確定因素。3、範圍不同：實行全額撥款的主要有圖書館、文化館、各級公辦學校、黨校、檔案局等單位，而差額撥款的單位有醫院、國有企業的行業主管局等。
全額撥款和差額撥款的區別
財政全額撥款是一種政府財政分配形式，中國主要撥款單位有圖書館、文化館、各級公辦學校、黨校、檔案局、文化中心、農業局下屬的森防管理事業單位、動物疫病控制中心、城建局下城市維護管理的如園林處、公園、綠化站、城肥所、環衞處、疾控中心、防治站等。
差額撥款，一部分非營利性機構（如醫療衞生機構）的國家撥款方式。差額撥款單位的人員費用由國家財政撥款，其他費用自籌。人員工資構成中固定部分為60%，非固定部分為40%。
差額撥款單位的人員費用由國家財政撥款，其他費用自籌。這些單位的人員工資構成中固定部分為60%，非固定部分為40%。按照國家有關規定，差額撥款單位要根據經費自主程度，實行工資總額包乾或其他符合自身特點的管理辦法，促使其逐步減少國家財政撥款，向經費自收自支過渡。
