4至6個月清洗一次。每季度都要對二次供水水質進行檢測一次，因為水中有滋生物、水池(或水箱)壁和底部有沉澱物，二次供水水箱的設施每半年都要清洗消毒，並提供水樣合格檢測報告。用户有權獲知清洗、消毒相關信息，還可以參與清洗和消毒的全場監督。
水池在使用過程中會產生一些生物雜質：水生物體(如藻類)及細菌、微生物、天然有機化合物(如腐植酸)等。
目前已知的在水中的有機物高達2221種，有很多有害物質。水池長期不進行清洗將嚴重危害人們的健康，水池清洗可有效殺滅細菌微生物，人在飲用的時候也可以放心。
二次供水水箱清洗的藥水一般是氯，然後是二氧化氯、臭氧、和紫外線。各有優缺點。目前以二氧化氯最為普遍，因為二氧化氯具備消毒效果強，投放劑量少，成本低，副作用少，對人體無毒等優點。
