彩色玉米是雜交。彩色玉米的彩色顆粒，是將自然界原本就有的植物遺傳多樣性，通過自然選擇和雜交，將植物不同的表現性狀遺傳並保持下來。其顏色是受其自身類胡蘿蔔素和花青素影響。雜交一般是在同一種作物之間的轉換，是作物在自然生長過程中的一種基因重組。
玉米是異花授粉的植物，雌雄同株，主要通過風將雄花花粉傳播到雌花花蕊上完成授粉，如果相鄰的兩塊地裏種的不是同品種的玉米，當它們的花粉隨風飄散到其他種類的，玉米花蕊上的時候，不同品種之間的玉米就容易出現雜交，如果不同品種的玉米粒的顏色是不同的，雜交的後果就可能是同一個玉米棒的玉米粒出現不同的顏色。
彩色玉米在種植時，就要注意雜交，比如白玉米種4行，紫玉米種一行，或者黃玉米種3行，粉玉米種一行，行間距必須要在授粉範圍之內。這樣搭配後，玉米在授粉時，各色玉米才能開始相互落粉，最終長出彩色玉米。
彩色玉米是農業專家運用高新技術選育出的玉米新品種，是特用玉米的一種，彩色玉米作為一種鮮食特用玉米新品種，具有商品性好，經濟價值高，適應能力廣等特點，加上其獨特的營養價值和特有的顏色，深受廣大消費者的歡迎。
