功能性滅絕是指某個或某類生物在自然條件下，種羣數量減少到無法維持繁衍的狀態。導致物種功能性滅絕的因素包括但不限於：氣候或環境變化，自然或人為災害，飲食資源缺失，外來物種入侵，自身遺傳缺陷，疾病，人類捕殺，棲息地被人類侵佔、割裂、干擾、破壞、污染等。
功能性滅絕是物種滅絕的前兆，當一個種羣規模不足以自我維持繁衍的生物，往往只能苟延殘喘，任憑種羣一步步衰落、消亡。存世個體越來越少，繼而找不到合適的配偶，無法生育後代，最後徹底絕滅。但在人類的及時搶救下，也有成功挽回的例子，如歐洲野牛、麋鹿、亞洲獅、朱䴉等。
