主要體現在加熱原理不同：電烤箱通過電阻絲通電變熱，將電能變成熱能，使得箱體內的温度提高，繼而對食物進行烘烤至熟;微波爐是將電能變成微波，通過爐內的空氣傳播到食物，從而使得食物變熱繼而變熟。
微波爐是一種用微波加熱食品的現代化烹調灶具。由電源，磁控管，控制電路等部分組成。通過微波震盪使食物中的物質分子高速運動起來，分子之間相互撞擊產生熱量，是食物內部產生熱量進行加熱。運動速度越快，温度越高，加熱越快。微波爐加熱食物會導致水分子大量流失。
烤箱的加熱原理則是通過電加熱電阻絲產生熱量，這種熱量在烤箱中對食物的加熱順序是由外向內加熱的，不會破壞食物中的分子，保留食物中原有的味道和營養物質。但是如果加熱不均勻就會導致食物與烤盤接觸的地方燒焦影響口味。
微波爐： 微波爐主要用來快速翻熱食物，能節省很多時間。在加熱的同時，會使食物的水分和營養的流失加快，所以不適合加熱發酵類食物，比如饅頭、麪包和包子類食物，放進微波爐進行加熱會使饅頭等變硬影響口感。
優點：加熱時間短，經濟實惠，可以做菜。
缺點：不能使用金屬器皿，燒烤食物時操作很麻煩，加熱食物容易流失營養物質和水分，清潔爐腔有困難。
電烤箱：電烤箱與明火燒烤對比最明顯的優點是明火燒烤容易產生致癌物質--3,4-苯並芘，燒烤時間越長產生致癌物質越多。但是對於電烤箱來説則不存在產生致癌物質之説。
優點：體積小功率大，不會產生致癌物質，爐內較少採用易結垢表面所以可以免清洗。
缺點：功能單一智能用於烘烤食物，大功率電烤箱易費電。
