首先是安放，右手握住鏡臂，左手托住鏡座，使鏡體保持直立。桌面要清潔、平穩，要選擇臨窗或光線充足的地方。單筒的一般放在左側，距離桌邊3～4釐米處。檢查顯微鏡是否有毛病，是否清潔，鏡身機械部分可用乾淨軟布擦拭。
鏡筒升至距載物台1～2釐米處，低倍鏡對準通光孔。調節光圈和反光鏡，光線強時用平面鏡，光線弱時用凹面鏡，反光鏡要用雙手轉動。
將玻片放在載物台上，注意有蓋玻片的一面一定朝上。用彈簧夾將玻片固定。調焦時，先旋轉粗調焦旋鈕慢慢降低鏡筒，並從側面仔細觀察，直到物鏡貼近玻片標本。
若使用單筒顯微鏡，兩眼自然張開，左眼觀察標本，右眼觀察記錄及繪圖，同時左手調節焦距，使物象清晰並移動標本視野。右手記錄、繪圖。
顯微鏡的維護
（1）防潮如果室內潮濕，光學鏡片就容易生黴、生霧。鏡片一旦生黴，很難除去。顯微鏡內部的鏡片由於不便擦拭，潮濕對其危害性更大。機械零件受潮後，容易生鏽。為了防潮，存放顯微鏡時，除了選擇乾燥的房間外，存放地點也應離牆、離地、遠離濕源。顯微鏡箱內應放置1～2袋硅膠作乾燥劑。並經常對硅膠進行烘烤。在其顏色變粉紅後，應及時烘烤，烘烤後再繼續使用。
（2）防塵光學元件表面落入灰塵，不僅影響光線通過，而且經光學系統放大後，會生成很大的污斑，影響觀察。灰塵、砂礫落入機械部分，還會增加磨損，引起運動受阻，危害同樣很大。因此，必須經常保持顯微鏡的清潔。
（3）防腐蝕顯微鏡不能和具有腐蝕性的化學試劑放在一起。如硫酸、鹽酸、強鹼等。
（4）防熱防熱的目的主要是為了避免熱脹冷縮引起鏡片的開膠與脱落。
（5）請勿觸碰尖鋭的物品，如鐵釘、針等。
（6）非相關人員請勿隨意動用。
