首先是安放，右手握住鏡臂，左手托住鏡座，使鏡體保持直立。桌面要清潔、平穩，要選擇臨窗或光線充足的地方。單筒的一般放在左側，距離桌邊3～4釐米處。
檢查顯微鏡是否有毛病，是否清潔，鏡身機械部分可用乾淨軟布擦拭。
鏡筒升至距載物台1～2釐米處，低倍鏡對準通光孔。調節光圈和反光鏡，光線強時用平面鏡，光線弱時用凹面鏡，反光鏡要用雙手轉動。
將玻片放在載物台上，注意有蓋玻片的一面一定朝上。用彈簧夾將玻片固定。
調焦時，先旋轉粗調焦旋鈕慢慢降低鏡筒，並從側面仔細觀察，直到物鏡貼近玻片標本。
若使用單筒顯微鏡，兩眼自然張開，左眼觀察標本，右眼觀察記錄及繪圖，同時左手調節焦距，使物象清晰並移動標本視野。右手記錄、繪圖。
