蜂蜜分層的原因有兩種：一是蜂蜜結晶，但是不影響食用;二是因為春天温度回升蜂蜜結晶開始融化，分成上層液體下層固體的狀態，一般沒有酸味就是正常化可以食用的。
原因一：蜂蜜結晶
蜂蜜分層原因之一是蜂蜜結晶，但是蜂蜜沒有完全結晶。蜂蜜的結晶形態為未結晶，開始結晶，半結晶，完全結晶，在蜂蜜半結晶和開始結晶時裝瓶就會是分層現象，上面是液體下面是固體。
蜂蜜結晶與蜂蜜含有的葡萄糖含量有關，在條件適宜的情況下，蜂蜜中的萄萄糖小結晶會核析出，逐漸增多形成結晶體母，然後緩慢沉降，從底部開始結晶，所以出現了分層的情況。
原因二：温度升高
蜂蜜分層還是因為天氣太熱，結晶的蜂蜜化開了一部分。由於蜜源植物不同，蜂蜜結晶的情況也不同，有時在温度較高時，有的結晶蜂蜜上層會化開一部分，形成分層，這都是正常現象。
在氣温慢慢升高時全結晶的蜂蜜上部會融化，融化了的蜂蜜口感喝起來偏稀，另外蜂蜜自身度數高的話融化的並不多，分層現象是天然蜜必須經歷的一個過程，只要是沒有發酵變酸的味道，都不會影響食用。
