不同大小的DNA片段，在鹼性條件下帶負電荷，在電流的作用下，由負極向正極移動，根據不同DNA分子片段的大小和形狀不同，其在電場中泳動的速率也不同，於是在相同時間的情況下，經過紫外照射，就可以看到DNA的位置，從而達到分離、鑑定的目的。
瓊脂糖凝膠電泳步驟：1、用蒸餾水將制膠工具洗乾淨，準備好制膠平板，用瓊脂將模具邊緣封閉，架好梳子；2、根據要分離的樣品（DNA）大小配製合適濃度的瓊脂糖凝膠。準確的稱取一定量的瓊脂糖乾粉，加入到合適體積的錐形瓶中，加入一定量的電泳緩衝液（30ml左右TAE）；放入到微波爐內加熱融化，冷卻片刻（不燙手即可）。
3、融化後的瓊脂溶液搖晃混勻，倒入電泳槽中，等其凝固；4、室温下凝固30-40min左右，小心的拔出梳子，取出凝固好的凝膠放入電泳槽內，準備上樣；5、在電泳槽中倒入電泳緩衝液（TAE）；沒過膠面1mm左右，去除膠孔內的氣泡。
6、上樣，5ulDNA樣品加入1ul上樣緩衝液（loading buffer）和1ul的染料，用搶混勻後加入到凝膠孔內；7、上樣結束，接通電源，紅色正極，黑色負極，DNA樣品有負極往正極運動，加樣孔側為負40-50v電壓，電壓30敏左右即可（<40min）；8、電壓結束，關閉電源，凝膠成像儀上觀察電壓位置並比對marker判斷大小。
