1、本質不同：真核生物有核膜包被，而原核生物沒有。2、結構不同：真核細胞有核膜（成形的細胞核）和多種細胞器，原核細胞無核膜（成形的細胞核）、細胞器，只有核糖體。3、基因存在位置不同：真核生物的基因存在於細胞核、線粒體和葉綠體內，原核生物的基因主要位於擬核和質體。
4、分類不同：真核生物分為動物、植物和真菌，而原核生物有細菌、藍藻、衣原體、支原體、立克次氏體、放線菌等。5、與蛋白質結合不同：真核生物的細胞核內的DNA與蛋白質結合，構成染色質/染色體；而原核生物的DNA呈裸露的環狀，一般不與蛋白質結合。
原核生物與真核生物的區別
原核生物是指一類細胞核無核膜包裹，只存在稱作核區的裸露DNA的原始單細胞生物。它包括細菌、放線菌、立克次氏體、衣原體、支原體、藍細菌和古細菌等。它們都是單細胞原核生物，結構簡單，個體微小，一般為1～10 µm，僅為真核細胞的十分之一至萬分之一。
真核生物是所有單細胞或多細胞的、其細胞具有細胞核的生物的總稱，它包括所有動物、植物、真菌和其他具有由膜包裹着的複雜亞細胞結構的生物。 真核生物與原核生物的根本性區別是前者的細胞內有以核膜為邊界的細胞核，因此以真核來命名這一類細胞。
