因為文昌魚是比魚類低等的海洋動物，本質上屬於古老的脊索動物。文昌魚有2屬12種，又名“鱷魚蟲”、“蛞蝓魚”。它們體型較小，只有3釐米~6釐米長，身體半透明，頭尾兩頭尖，外形上具有玲瓏通透的美感。文昌魚由於味道鮮美而被廣泛捕撈，導致其數量稀少，其是國家二級保護動物。
1923年，美國生物學家萊德在廈門考察時發現了文昌魚。當地漁民説，每年閩南一帶傳説中的神仙文昌帝君誕辰前後，這種魚才出現，故名“文昌魚”。萊德隨後向世界宣佈了這一發現，引起了國際生物學界的震動。
大約在5億年前，地球上最早的無脊椎動物與脊椎動物之間的過渡類型——脊索動物文昌魚就出現了。經過了漫長的歲月，脊索動物演化為各種脊椎動物，其中包括類人猿。
因此，文昌魚在物種起源方面具有世界意義。作為無脊椎到脊椎的過渡的代表，文昌魚堪稱“生物進化史上的活化石”。
