魚類是以鰓呼吸、通過尾部和軀幹部的擺動以及鰭的協調作用游泳和憑上下頜攝食的變温水生脊椎動物，但是文昌魚沒有脊椎骨，喜歡將身體埋入沙中，只露出前端。所以文昌魚只是外形酷似魚類，它的身體構造和各種生理機能與真正的魚還有很大區別。
文昌魚是適合在温暖海中的動物。它半截下身埋在沙中，僅以前端露出沙外，白天半截身體躲在沙礫之中，在陽光之下，搖搖擺擺，依賴水流帶來浮游生物及硅藻、植物供它吃食。到了晚間才是它活躍的時刻，這時它離開沙窩，如同離弦的羽箭彈射到水面活動，不過它一旦遇到驚擾，又會游回沙灘窩內。
文昌魚對地質要求比較嚴格，通常僅在有機質含量較低的粗中砂和中砂中大量出現。中國青島和廈門是文昌魚的兩個主要棲息地。此外，整個東南亞沿海均有發現文昌魚。在美國加利福尼亞州和佛羅里達州也有分佈。
