雖然現在檢疫、消毒條件不斷提高，但還是有一些寄生蟲或蟲卵藏在小龍蝦體內。因此在烹飪時一定要讓小龍蝦充分熟透，否則人體就會感染寄生蟲。
小龍蝦的食性很雜，除植物秸稈和水草外，還以死掉的魚類或同類的屍體為食。由於其有吃腐屍的習慣，它們的身體中攜帶了大量的細菌和有毒物質。一些商販捕撈野生環境下生長的小龍蝦，不經過檢疫運到市場低價出售。
還有一些商販故意向養殖池中投喂不乾淨的飼料，甚至將被污染的水塘、泥沼作為養殖地。
小龍蝦生活的水域中充斥大量的浮游生物，不論人工養殖還是野生的，小龍蝦都是寄生蟲的宿主。
