1、是否進行基因改造：轉基因玉米，是通過現代分子生物學技術對特定的玉米株系進行的基因工程改造，主要提高對害蟲的抗性和除草劑的忍耐性；而普通玉米則未使用基因生物改造技術。2、是否包含轉基因成分：在國內，與轉基因玉米相比，普通玉米不含有任何轉基因成分。3、爭議不同：轉基因食品主要有對健康、環境、倫理和國家安全問題的爭議，而常規玉米則有病蟲害等外來威脅造成的爭議。
轉基因玉米和非轉基因玉米的區別
玉米，又名苞谷、苞米棒子、玉蜀黍、珍珠米等，是禾本科的一年生草本植物，原產於中美洲和南美洲。它是世界重要的糧食作物，廣泛分佈於美國、中國、巴西和其他國家。與傳統的水稻、小麥等糧食作物相比，玉米具有很強的耐旱性、耐寒性、耐貧瘠性以及極好的環境適應性。玉米的營養價值較高，是優良的糧食作物。
而轉基因玉米是一種轉基因作物。轉基因技術是利用現代生物技術，將人們期望的目標性狀基因，經過人工克隆，通過轉基因操作轉到受體生物，從而實現改良受體生物原有的性狀或賦予其新的優良性狀。轉基因玉米作為生物技術產業化重大成果，已在世界各地普遍應用。
在歐盟，只要某食品中的轉基因成分總量不超過0.9%，這個食品就不需要標註為轉基因食品。因此，轉基因玉米與常規玉米的區別在於包含的轉基因成分總量。而在我國，只要在玉米中檢測到轉基因成分，該食品就必須要標註為轉基因玉米，而不含轉基因成分的才是常規玉米。
