生的黃花菜有毒。新鮮黃花菜中的有毒物質是秋水仙鹼，其百分之六十的有毒物質都分佈在花瓣中，如果誤食會引發中毒症狀。因此在食用黃花菜時，要用沸水燙一遍，或者用百分之十的鹽水浸泡1小時。
新鮮黃花菜中含有一種叫秋水仙鹼的物質，其實這種物質本身無毒。但是進入腸胃道後，經過人體腸胃道的吸收，在體內會氧化成具有較大毒性的二秋水仙鹼，此類物質會讓人體出現中毒的現象。
新鮮黃花菜的有毒成分，在60度以上的高温狀態下會減弱。因此在食用時要將新鮮黃花菜用滾開水焯過之後，再拿清水浸泡一到兩個小時之後洗淨即可。或者也可以先將黃花菜用百分之十的鹽水中浸泡一小時，這樣秋水仙鹼的含量可以降低65％。乾的黃花菜是沒有毒性的，最好也用清水或温水進行多次浸泡之後再食用。
